El defensa uruguayo llegó al líder del Calcio a préstamo de la Lazio, a cambio de 600.000 euros.
En 2009/10 jugó en la Juve a préstamo desde Barcelona, mientras que de 2012 llegó procedente del Sevilla. En esa última etapa jugó cuatro años en el club.
Con la Juve ganó campeonatos consecutivos (de 2012 a 2016), dos copas de Italia (2015-2016) y tres Supercopas italias (2012, 2013 y 2015). En total jugó 110 partidos e hizo siete goles.
Tras su debut en Defensor en 2006, Cáceres jugó en Recreativo Huelva y Barcelona. Luego fue a Juventus, siguió en Sevilla y volvió a la Juve. Su carrera continuó en el Southampton, Hellas Verona y Lazio, hasta retornar este periodo a Juventus.