Decenas de personas más estaban gravemente heridas tras este ataque contra el hospital, que se incendió.
El establecimiento de MSF en Kunduz es un centro sanitario clave en la región que ha funcionado "más allá de su capacidad" durante los recientes combates entre el ejército y los talibanes, que tomaron el control de la ciudad durante varios días.
"A los 02:10, el centro de traumatología de MSF en Kunduz fue alcanzado varias veces durante un bombardeo prolongado y resultó muy dañado", informó la ONG en un comunicado.
"Confirmamos la muerte de nueve miembros de MSF durante el bombardeo (...) 37 personas están gravemente heridas (...) Se desconoce el paradero de muchos pacientes y empleados más", agregó.
Según MSF, el bombardeo sobre el hospital siguió "durante más de 30 minutos" después de que la ONG avisara a los ejércitos estadounidense y afgano de que había sido alcanzado por proyectiles.
MSF exige "que se esclarezcan rápidamente" las circunstancias del ataque, que podría ser obra de las fuerzas estadounidenses.
Kunduz ha sido escenario en la última semana de fuertes combates desde la irrupción el lunes de insurgentes talibanes, convirtiéndose en la primera gran ciudad afgana en caer en manos de los insurgentes desde 2001.
En el momento del bombardeo, 105 pacientes y personal sanitario y más de 80 empleados internacionales y locales de MSF estaban en el hospital, precisó la ONG.
La organización había informado el viernes que 59 niños estaban siendo atendidos en el centro.
Según la OTAN, las fuerzas estadounidenses podrían estar detrás de este ataque aéreo.
"Las fuerzas estadounidenses llevaron a cabo un ataque aéreo en Kunduz a las 02:15 contra personas que amenazaban a las fuerzas de la coalición", dijo la OTAN en un comunicado.
"El ataque podría haber provocado daños colaterales a un centro médico cercano. Este incidente está bajo investigación", añadió.
Un residente local contó que intentaba desesperadamente contactar con seis de sus amigos, todos médicos y enfermeras de MSF, pero no ha logrado hablar con ellos.
"No tengo ninguna noticia de ellos, podrían estar muertos", dijo a la AFP. Afirmó además que muchos residentes con familiares ingresados en el hospital tienen miedo de salir de sus casas en busca de noticias debido a los disparos entre el ejército y talibanes.
"Profundamente consternados"
El centro de traumatología de MSF en Kunduz es la única instalación médica en la región que puede tratar lesiones graves.
"Estamos profundamente consternados por el ataque, por la muerte de nuestros empleados y el alto precio infligido a un centro de salud en Kunduz", declaró en un comunicado el director de operaciones de MSF Bart Janssens.
"Nuestro equipo médico está proporcionando primeros auxilios y tratamiento a los pacientes lesionados. Instamos a todas las partes a respetar la seguridad de las instalaciones de salud y de su personal", agregó.
Kunduz está sumida en una crisis humanitaria, con miles de civiles atrapados en el fuego cruzado de dos fuerzas: las tropas del gobierno y los insurgentes talibanes.
Por el momento no se conoce con exactitud el número de víctimas de los combates que se libran en esta localidad, pero las autoridades dijeron el viernes que al menos 60 personas han muerto y 400 resultado heridas.
En un comunicado, los talibanes acusaron a las "fuerzas estadounidenses bárbaras" de llevar a cabo el ataque del sábado de forma deliberada, "matando e hiriendo a decenas de doctores, enfermeras y pacientes".
Desde que fueron expulsados del poder en 2001 por una coalición liderada por Estados Unidos, los talibanes concentran sus ataques en sus bastiones del sur. Pero en los últimos meses reforzaron sus posiciones en la zona de Kunduz, una ciudad estratégica en la ruta hacia Tayikistán.