La asociación duró hasta la quiebra de la brasileña en 2006, cuando el Estado uruguayo absorbió el 49% del paquete accionario que poseía Varig.
En 2007 se alcanzó un acuerdo con Leadgate, que se quedó con el 75% de las acciones, luego que el Estado aportó unos 28 millones de dólares para dejar a la empresa en positivo y salió de garantía de la compra de nuevos aviones.
La actual crisis se agudizó un par de meses atrás por la acumulación de deudas y una denuncia penal de irregularidades interpuesta por el senador opositor Carlos Moreira.
Moreira denunció que la empresa "ha sido vaciada" y estimó que desde 2007 hasta julio de este año las pérdidas superaron los 70 millones de dólares.
Según la Memoria anual de la empresa difundida a fines de 2011, las pérdidas se redujeron de USD 41,1 millones de dólares en el ejercicio 2006-2007 a USD 8,1 millones en 2010-2011.
Con 900 empleados y una flota de 13 aviones Bombardier CRJ900, Pluna viaja desde Uruguay hacia destinos en Argentina, Brasil, Chile y Paraguay, transportando más de un millón y medio de psajeros anuales.
