Bordaberry falleció en la madrugada del domingo 17 de un paro cardiorrespiratorio. Según allegados a la familia, su delicado estado de salud se había agravado en las últimas horas. Tenía 83 años.
Tanto del velatorio como del entierro participó solamente su familia. Sin embargo, en la entrada del Parque Martinelli, cementerio privado donde fue enterrado, un grupo de militantes radicales, encabezados por Irma Leites, se reunió para “escarcharlo”. “Como no hay justicia, hay escrache popular”, decía la decena de carteles que portaban.
Una ley aprobada a iniciativa del Frente Amplio en la pasada legislatura suspendió las honras fúnebres a quienes hayan sido jefes de Estado en la dictadura militar.
Bordaberry fue electo presidente en las cuestionadas elecciones de 1971. Asumió en 1972 y por dos años fue un gobernante constitucional.
El 27 de junio de 1973 fue el protagonista del golpe de Estado que abrió uno de los períodos más negros de la historia uruguaya. Ese día, aliado con los militares que unos meses antes habían intentado derrocarlo, disolvió las cámaras. Así, gobernó como dictador hasta 1976.
“Como por la muerte de cualquier ser humano, lamento mucho (el deceso de Bordaberry) por la familia, los hijos, los nietos", dijo a la AFP la abogada Hebe Martínez Burlé, quien lo había denunciado como "violador de la Constitución, como dictador, golpista, además de todos los insucesos que ocurrieron durante su período".
"Por homicidio, genocidio, enriquecimiento ilícito o violación a los derechos humanos, han sido condenados y procesados una cantidad de dictadores, pero por violar la Constitución, por el mismo golpe de Estado, es la primera vez y creo que es lo más significativo (...) y marcó un precedente muy importante para los amantes de la democracia", agregó la abogada.
En marzo de 2010 Bordaberry había recibido, en silla de ruedas y conectado a un tanque de oxígeno, la notificación de su condena a 30 años de prisión, con una opción de prórroga por otros 15, por "un delito de atentado contra la Constitución, (...) con nueve crímenes de desaparición forzada y dos crímenes de homicidio político".
En 2006 Bordaberry había sido procesado como coautor de homicidio especialmente agravado por el asesinato de cuatro uruguayos exiliados en Argentina en mayo de 1976: los legisladores Zelmar Michelini y Héctor Gutiérrez Ruiz, y los tupamaros William Whitelaw y Rosario Barredo.